San Miguel de Bolívar tiene 7 parroquias y son las siguientes:

Parroquia urbana

San Miguel (cabecera cantonal)

Parroquias rurales

• Balsapamba
• Bilován
• Régulo de Mora
• San Pablo de Atenas
• Santiago
• San Vicente

Hidrografía

El sistema hidrográfico del cantón San Miguel pertenece a la subcuenca del río Babahoyo, conformado por los ríos:

Chimbo, 

Telimbela, 

San Lorenzo, 

El Batán,

La Esmeralda, 

Santiago, 

Cristal, 

Dulcepamba, 

Cañi, 

Pangor, 

Viejo, 

Estero de Damas, 

El Reventado. 

Todos ellos alimentan el caudal del sistema hídrico de la cuenca del Guayas